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La notte del pangolino
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Ventiquattro è il numero di specie che un Minion può analizzare contemporaneamente. Centinaia di migliaia di sequenze attraversano i microcanali proteici del sottile strato di nanopori della flowcell del Minion tradotte dallo strumento nella sequenza di lettere caratteristiche di ogni specie. Questa volta Anita ha preparato 6 DNA diversi appartenenti a rettili, anfibi e mammiferi. Estratto, purificato e amplificato questo DNA ci svelerà l’identità di altri 6 abitanti delle foreste di Kabobo. Uno dei campioni proviene dalla famosa pelle del pangolino avuta in dono qualche giorno fa, gli altri provengono da un Cephalophus, una piccola antilope di foresta, Xenopus e Leptopelis due anfibi, un serpente del genere Lycophidion e una lucertola del genere Trachylepis.

Il confronto delle sequenze ottenute con quelle depositate nella banca dati GenBank, permetterà di definire la divergenza genetica con la specie più affine fino ad oggi pubblicata. “Abbiamo scaricato dal database tutti i dati appartenenti al gruppo dei Cordati, questo ci permette di effettuare il confronto (chiamato tecnicamente blast) offline ovvero senza bisogno di essere collegati in rete. Massimo sta aprendo il computer per verificare i risultati del blast. “Cosa ti aspetti di trovare?” chiedo ad Anita “prima di tutto conferma che il trattamento del DNA sia andato a buon fine, cioè di non averlo inquinato con frammenti di pelle o di saliva e di non aver inquinato i campioni fra di loro. Se dal confronto si avrà conferma che il pangolino è un pangolino e l’antilope proprio un’antilope vorrà dire che tutto è andato bene e il DNA dei due animali è puro.

Ok ci siamo, Massimo ci espone i risultati: nel caso della lucertola Trachylepis maculilabris e dell’anfibio Xenopus victorianus, le sequenze hanno mostrato un indice di similarità del 99% . Anita esulta, è andato tutto bene le specie sono confermate. Il pangolino arboricolo ha mostrato una similarità del 97%, lasciando un 3% di differenza con la specie documentata in Genbank che sembra confermare il livello di isolamento di queste foreste, così come la divergenza del 4% per la specie del genere Leptopelis. Nel caso dell’antilope il blast, ovvero il confronto delle sequenze con quelle della banca dati indica un’omologia del 96% con Cephalopus callipygus, una specie diffusa solo in Africa occidentale, in una zona che si trova a circa 2000 km da dove ci troviamo noi.

“La specie sorella” spiega Michele “è C. weynsi la cui sequenza però non è presente in GenBank, la somiglianza con le altre specie locali (C. nigrifrons, C. silvicultor e C. dorsalis, C. leucogaster) risulta essere più bassa, compresa fra il 94 e il 95%” e questo esclude l’appartenenza del campione analizzato a una di queste specie. Ulteriori indagini saranno necessarie per capire se  l’antilope a cui appartiene il campione analizzato possa essere C. weynsi o altro.
Questi primi risultati, che andranno confermati da successive analisi, sono il primo concreto contributo di Kabobo Expedition alla proposta di fare di quest’area un nuovo Parco Nazionale.

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